Khoa Các khoa học liên ngành được thành lập vào ngày 20/5/2002 theo Quyết định số 342/TCCB ngày 20/05/2002 của Giám đốc ĐHQGHN với tên gọi “Khoa Sau đại học” và được đổi tên thành “Khoa Các khoa học liên ngành” theo Quyết định số 248/QĐ-ĐHQGHN ngày 20/1/2017 của Giám đốc Đại học Quốc gia Hà Nội.
Khoa Các khoa học liên ngành là đơn vị trực thuộc Đại học Quốc gia Hà Nội (VNU-SIS), có chức năng, nhiệm vụ chính là đơn vị đầu mối phát triển và tổ chức thực hiện các chương trình đào tạo mới, có tính liên ngành, sáng tạo và nghệ thuật hướng tới các chương trình có tính khoa học và ứng dụng thực tiễn, đáp ứng nhu cầu xã hội.
Định hướng đến năm 2030, Khoa sẽ trở thành Trường đại học uy tín, có tính hội nhập cao trong đào tạo và nghiên cứu khoa học liên ngành, sáng tạo, nghệ thuật. Các lĩnh vực trọng điểm mà Khoa triển khai gồm: Di sản học, Công nghiệp văn hóa và sáng tạo, Đô thị và kiến trúc bền vững, Quản trị kinh doanh và kinh tế sáng tạo, Biến đổi khí hậu và khoa học bền vững.