Trường Khoa học liên ngành và Nghệ thuật ĐHQGHN được chuyển đổi mô hình và tổ chức lại từ Khoa Các khoa học liên ngành theo Quyết định số 333/QĐ-ĐHQGHN ngày 29/1/2024 của Giám đốc ĐHQGHN. Trước đó, Khoa Các khoa học liên ngành được thành lập vào ngày 20/5/2002 theo Quyết định số 342/TCCB của Giám đốc ĐHQGHN với tên gọi “Khoa Sau đại học” và được đổi tên thành “Khoa Các khoa học liên ngành” theo Quyết định số 248/QĐ-ĐHQGHN.
Khoa Sau đại học chính là nền tảng đầu tiên, xác lập những tiền đề hướng tới một tổ chức đào tạo và nghiên cứu khoa học ở một trong những cơ sở giáo dục đại học tiên phong trong hệ thống giáo dục Việt Nam.
Đây là các tổ chức tiền thân được Đại học Quốc gia Hà Nội giao phó thực hiện các sứ mệnh quan trọng mang tính đột phá trong nhiều thời kỳ lịch sử. Sứ mệnh của Nhà trường luôn là đào tạo nguồn nhân lực chất lượng cao, bồi dưỡng nhân tài theo định hướng liên ngành; tiên phong khai mở và phát triển các ngành thuộc lĩnh vực công nghiệp văn hóa, sáng tạo và nghệ thuật; nghiên cứu, chuyển giao tri thức và tư vấn chính sách; đóng góp vào sự nghiệp xây dựng, phát triển, bảo vệ đất nước và hội nhập quốc tế.